Пингвины возвращаются, и теперь у них появляется новое задание. Шкипер и его команда пытаются помогать различным организациям, что борются с браконьерством и защищают права животных, и для этого используют свои навыки.

Третья часть продолжает историю Алекса, а также его товарищей: Мелмана, Глория, Джулиан и Марти. Вместе с ними лев Алекс прошёл через многое: побывал на диком острове Мадагаскар, встретил настоящих родителей, сражался против бабули с ружьем, и обрёл свой дом.

Вторая часть продолжает историю о Марти, Алексе, Мелмане, Глории. Проведя много времени на острове Мадагаскар, звери уже привыкли к дикой природе и другим факторам, которые раньше их пугали.

Действия происходят в Центральном зоопарке Нью-Йорка, где живут Алекс, Мелман, Глория и Марти. Первый является львом и главной звездой зоопарка, на которого приходят посмотреть тысячи жителей. Второй – жираф, что постоянно грезит о том, чтобы стать доктором и прославиться.

История о крысе по имени Реми. Он отличается от своих сородичей одним важным нюансом: любит кулинарию, и всё связанное с этой тематикой. Реми, в отличие от других готов рисковать жизнью ради добычи специй.

Продолжение истории о Мэнни, Диего, Сиде, Персик, Элли и других полюбившихся персонажей. Они прошли через многое, и теперь действительно нашли для себя идеальное место для жизни.

В результате континентального дрейфа на поверхности земли появляется трещина. Подросшая Персик отправляется на прогулку к водопадам, не сообщая заботливому родителю о своем местонахождении.

Влюбленные Манфред и Элли ожидают рождения общего малыша. Нервный папаша проявляет невероятную заботу, беспокоится о возлюбленной и обустраивает детскую площадку.

Давние товарищи сталкиваются с очередной природной неприятностью. Ледники подвергаются таянию, и вскоре пустыня превратится в продолжение океана. Представители животного мира наслаждаются водными ваннами и устраивают купание в долине.

Животные организовывают группы и отправляются на юг, чтобы не замерзнуть. Они вынуждены мигрировать в теплые края из-за прогноза, предсказывающего наступление ледникового периода.