Действие фильма разворачивается спустя годы после событий «Дружба — это чудо», а в центре внимания Санни Старскаут, изгой и молодая активистка, которая все еще видит надежду в Эквестрии.

Битва Диалги и Палкии породила волны искажения пространства и времени, которые повредили не только реальному миру. И теперь на простор реальности вырвался разъярённый Хранитель Искажённого Мира...

Обманутый Аркеас держит злость на всё человечество и хочет уничтожить весь мир. И как ему противостоять, ведь Аркеас создал этот мир! Выход есть - отправиться в прошлое и переписать историю, тогда Аркеас не будет обманут.

Сатоси, Хикари и Такэси направляются в город Краун, чтобы посетить чемпионат мира по покемонскому бутболу. По дороге они сталкиваются с покемоном Дзороа, который ищет свою маму.

На ничего не подозревающего Эша с неба обрушивается сомнительное счастье — существо Вулканион, недолюбливающий людей.

Во время поездки на поезде Эш с друзьями замечают незнакомого раненного Покемона. Они хотят ему помочь, но тут на поезд нападает Легендарный Покемон Курем! Эшу и остальным ребятам удаётся увести неизвестного Покемона в безопасное место.

Эш собирается посетить лабораторию профессора Оука, чтобы получить своего первого покемона. Но профессор спешит сообщить, что три стартовых покемона — Бульбазавр, Сквиртл и Чармандер — уже были выбраны другими тренерами, которые пришли раньше.

Eжегодный Фестиваль ветра в Фула-Сити воспевает Легендарного Покемона Лугию, приносящего ветер, который снабжает энергией этот приморский город.

Амбициозный щенок Д'Артаньгав отправляется в Париж, чтобы воплотить свою самую заветную мечту — стать королевским мушкетером.

Основным персонажем истории становится молодой парень по имени Иосиф. С раннего возраста его судьба сложилась таким образом, что ему предстояло быть самым счастливым человеком на планете.